Die ergiebigen Regenmengen und die zusätzliche Schneeschmelze haben die Pegel von Bächen und Gewässern Ende Januar stark ansteigen lassen. Vielerorts hat dies zu Hochwasser und Überschwemmungen geführt. Beim Schulhaus Magdenau waren die Wassermengen so gross, dass sie vom Entwässerungssystem nicht mehr aufgenommen werden konnten.
Bis gegen zehn Zentimeter hoch stand das Wasser am Morgen des 29. Januars 2021 in der Turnhalle des Schulhauses Magdenau und weiteren Räumen im Untergeschoss. Erst mit dem Nachlassen der Niederschläge senkte sich der Wasserstand kontinuierlich. Obwohl sämtliche Leitungen im Schulhaus Magdenau im Dezember 2020 kontrolliert, gespült und von Schmutz und Unrat befreit wurden, waren diese nicht in der Lage, die aussergewöhnlichen Wassermengen aufzunehmen. Die Räume werden nun ausgetrocknet und danach wieder instand gestellt. Zusammen mit der Gebäudeversicherung St.Gallen werden Objektschutzmassnahmen geprüft.